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浙江上線自動(dòng)化的全基因組檢測(cè)分析平臺(tái)縮短確診時(shí)間

發(fā)布時(shí)間:2020-02-03 16:42:37  |  來(lái)源:北京商報(bào)網(wǎng)  

2月1日,浙江省疾控中心上線了自動(dòng)化的全基因組檢測(cè)分析平臺(tái),該平臺(tái)利用阿里達(dá)摩院研發(fā)的AI算法,可將原來(lái)數(shù)小時(shí)的疑似病例基因分析縮短至半小時(shí),大幅縮短確診時(shí)間,并能精準(zhǔn)檢測(cè)出病毒的變異情況。

當(dāng)前,快速、精確診斷對(duì)于疫情控制尤其重要。目前醫(yī)院普遍采用核酸檢測(cè)方法,只能檢測(cè)到病毒基因的局部。由于病毒存在變異的可能性,對(duì)于整個(gè)基因序列來(lái)說(shuō)這種檢測(cè)方法猶如盲人摸象,一旦病毒發(fā)生變異,就可能出現(xiàn)漏檢的情況。

全基因組檢測(cè)分析平臺(tái)由浙江省疾病預(yù)防控制中心、阿里達(dá)摩院醫(yī)療AI團(tuán)隊(duì)和杰毅生物技術(shù)公司共同研發(fā)。該平臺(tái)采用不同于核酸檢測(cè)方法的全基因組檢測(cè)技術(shù),對(duì)疑似病例的病毒樣本進(jìn)行全基因組序列分析比對(duì),能夠有效防止病毒變異產(chǎn)生的漏檢,并將原需數(shù)小時(shí)的全基因分析流程減少到半小時(shí),大幅提高疑似病例的確診速度和準(zhǔn)確率。

據(jù)悉,疫情發(fā)生后,阿里達(dá)摩院算法專家顧斐立即奔赴浙江省疾控中心,針對(duì)新型冠狀病毒基因進(jìn)行特征分析,并推出多個(gè)算法模型。在序列比對(duì)過(guò)程中,達(dá)摩院對(duì)算法增加了分布式設(shè)計(jì),有效提升比對(duì)效率;在病毒序列拼接階段使用分布式設(shè)計(jì)的de Bruijn圖算法,變異病毒也能精準(zhǔn)檢測(cè)。

浙江省疾控中心基因測(cè)序負(fù)責(zé)人孫逸表示:“該平臺(tái)基于阿里云的算力與達(dá)摩院新算法可以為病毒的解析提供支撐,基于該平臺(tái),未來(lái)還可以在短時(shí)間內(nèi)將檢測(cè)范圍覆蓋整個(gè)確診病例,也為后續(xù)疫苗與藥物研發(fā)打下了基礎(chǔ)。”(記者魏蔚)

 

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